| Nội dung | Thanh tra thông thường | Thanh tra giá chuyển nhượng |
| Nghĩa vụ chứng minh vi phạm | Cơ quan thuế phải chứng minh vi phạm của người nộp thuế (“NNT”) | NNT phải chứng minh “mình đúng”. Trường hợp NNT không chứng minh được thì cơ quan thuế ấn định. |
| Thời gian thanh tra | Tuân thủ chặt chẽ quy định hiện hành | Thường kéo dài quá quy định do nhiều nguyên nhân. |
| Nội dung trọng tâm | Phát hiện xứ lý vi phạm. Việc ấn định thuế ít xảy ra với thủ tục quy định của Luật quản lý thuế | Ấn định thuế với thủ tục quy định tại quy định hiện hành (TT66/2010/TT-BTC,Nghị định 20/2017/NĐ-CP và Thông tư 41/2017/TT-BTC) |
| Xây dựng cơ sở dữ liệu và lựa chọn doanh nghiệp độc lập | Yêu cầu ở mức độ thấp với các thủ tục ít phức tạp | Yêu cầu ở mức độ cao (bắt buộc) với các thủ tục phức tạp. |
| Nguồn nhân lực | Đầy đủ (nhiều kinh nghiệm) | Hạn chế (Ít cán bộ có kinh nghiệm) |
| NNT nhận được sự hỗ trợ của các doanh nghiệp kiểm toán có kinh nghiệm | Ít phổ biến | Rất phổ biến |